
پنجاه سال از زمانی که «الن ریپلی» امتحانات سخت خود برای اثبات بی گناهی اش را داده می گذرد و سفینه ی نجات حامل وی، که او را در حالت خلسه در خود نگاه می داشت و به صورت سرگردان در فضا چرخان بود، دریافت می شود. بر روی کره زمین هیچ کس داستان وی در مورد وجود آدم فضایی در سیاره ی LV-۴۲۶ را باور نمی کند. اداره ای که با نام «کمپانی» شناخته می شود، گروهی را مامور می کند تا به LV-۴۲۶ بروند و صحت این مطالب را بررسی کنند. پس از مدتی تمامی ارتباطات با گروه فرستاده شده قطع می شود و Company اِلن ریپلی و گروهی از سربازان بسیار حرفه ای را برای بررسی و نجات گروه قبلی به LV-۴۲۶ می فرستد.

بعد از گریختن از سیاره بیگانگان، سفینه ی «الن ریپلی» هم در آن است، در یک معدن سقوط می کند. ریپلی می فهمد که یک موجود بیگانه که بطور مخفیانه وارد سفینه شده، علت سقوط بوده است. این موجود بیگانه شروع به کشتن ساکنان معدن می کند، اما ریپلی نمی داند که دشمن اصلی او چیزی بیشتر از این موجود بیگانه است.

«ژنرال پرز» (هدايا)، فرمانده فضاپيماي «اوريگا»، باکمک هفت افسر دانشمند و چهل و دو خدمه در پي استفاده از «بيگانه» هاست. «الن ريپلي» (ويور) دويست سال پيش با فداکردن جان خود جلوي تکثير «بيگانه» ها را گرفته است، اما حالا در اوريگا از طريق نمونه هاي خوني که از او باقي مانده، شبيه سازي مي شود تا به يک «ملکه ي بيگانه» دست رسي پيدا کنند.