
توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانهای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شبها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگیاش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانهای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسانها توسط گونهای از ماشینها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشینها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامههای قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.

سال ۲۰۲۹. دنیا شدیدا وابسته به اطلاعات شده و تمام انسان ها متصل به شبکه هستند. جرم و جنایت توسط خلافکاران از طریق نفوذ غیر مجاز به شبکه انجام میشود. برای جلوگیری از این موارد، روبات هایی انسان نما با توانایی و قدرت بالا ساخته شده اند، که می توانند در لحظه به هر شبکه ای در دنیا متصل شوند. اکنون یک روبات زن، به کمک همکارش باید یک هکر مرموز و قدر را ردیابی و سرنگون سازد...

دو روبات با ظاهري انساني از زمان آينده مي آيند، يکي (شوارتسنگر) براي مراقبت از پسر بچه اي به نام «جان کانر» (فورلانگ) ـ که در آينده رهبري مبارزه ي انسان عليه کامپيوتر را به عهده خواهد گرفت ـ و ديگري «نابودگر تي هزار» (پاتريک) که بسيار پيشرفته تر است و مي تواند به هر شکلي دربيايد.