دو سال پس از آخرين جنگ با سفيرات (Sephiroth) می گذشت. رافوس شينرا (ShinRa) سعي كرد دوباره شهر بزرگ را درست كند.اما در راه ساخت ،سه مرد در مقابل او ايستادند.اين سه مرد به دنبال مادرشان ميگشتند و سعي داشتند سفيرات را دوباره برگردانند.از اين رو كلود (Cloud) دوباره مجبور شد در مقابل كسي قرار بگيرد كه تهديد كرد دنيا را نابود خواهد ساخت.
مردی بعد از اینکه به حقیقتی تلخ پی می برد، تصمیم به گریختن از تشکیلاتی می گیرد که او را همراه عده‌ای دیگر، تنها برای تامین اعضای بدن مورد نیاز انسانها نگه می دارند.
در آینده ای دور،زمین توسط خدایان باستانی اشغال شده و انسانها دستکاری ژنتیکی شده اند.وقتی یکی از خدایان محکوم به مرگ می شود به دنبال پیدا کردن یک انسان جدید برای میزبانی می رود...
داستان فیلم در دنیایی اتفاق می افتد که میکروچیپهایی که در مغز کار گذاشته شده تمام لحظات زندگی فرد را ثبت و ضبط می کند.این چیپها پس از مرگ جدا شده تا دوستاران او بتوانند لحظات زندگی او را به یاد بیاورند.در این میان فلچر گروهی را رهبری می کند که با این تکنولوژی مخالف هستند و...
«جان کانر» (استال) حالا بيست و پنج ساله است و T-X، پيش رفته ترين و پيچيده ترين روبات / انسان «اسکاي نت» از دل زمان فرستاده مي شود تا کار ناتمام T-۱۰۰۰، ماشين قبلي را به اتمام برساند. حالا تنها اميد «کانر» براي زنده ماندن، «نابودگر» (شوارتسنگر)، آدم کش مرموز قبلي است...
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
انسانها توسط جنگ و آلودگی از بین رفته اند. آنهایی که زنده مانده اند شهری به نام "اکوبان" را می سازند...
در دنيای آينده حکومتی بسيار خشن و مستبد وجود دارد که سياست آن از بين بردن شورشها، جنگها و اعتراضات با استفاده از فرونشاندن احساسات و محو هيجانات است: کتابها ، هنر و موسيقی بطور اکيد ممنوع شده اند و داشتن احساس جرمی است که مجازات مرگ دارد. جان پرستون يکی از بهترين ماموران حکومت است که مسئول از بين بردن هر کسی است که از اين قوانين سرپيچی کرده است. اما زمانيکه او مقداری از داروی پروزيوم را از دست می دهد – يک داروی هوشيار کننده ذهن که احساسات را کاهش می دهد – ناگهان به تنها فردی تبديل می شود که قادرست با اين حکومت با آن مبارزه کرده و آنرا از بين ببرد.
چهار هفته بعد از پخش شدن ویروسی وحشتناک و علاج ناپذیر در انگلستان که قربانیان را به موجواتی دیوانه و وحشی تبدیل می کند، عده‌ای از بازماندگان بدنبال یک پناه‌گاه، تمام کشور را زیر پا میگذارند.