

در دنیای مملو از موجوداتی خطرناکی به نام youma دختر جوانی با چشم های نقره ای به نام Clare که از طرف سازمانی که دخترانی جوان که نیمی youma هستند را آموزش می دهد به نابودی این موجودات می پردازد. با در نظر گرفتن همراه کردن پسر جوانی با خود و از دست دادن کنترل خود به نیمه ی youma و با Awakening شدن به او ماموریت های خطرناک تری محول می شود.


ناروتو به همراه استاد خود جیرایا پس از ۳ سال تمرین و آموزش به دهکده مخفی برگ (دهکده کونوها) باز می گرددند. او امیدوار است با قدرت هایی که بدست آورده بتواند دوست خود ساسکه را پیدا کند و او را از دست اوروچیمارو نجات دهد. در این زمان گروه آکاتسوکی (سازمانی ناشناخته که شامل ۱۰ شینوبی قدرتمند است و هدفش جمع آوری هیولای دم دار است) آغاز بکار می کند و...


ادوارد آلریک، کیمیاگر با استعدادی است که در گذشته برادر کوچکترش آلفونس را در جریان یک آزمایش از دست داده اما توانسته است روح او را در یک زره حفظ کند. او همچنین یک دست خود را بعنوان بها پرداخته است ( قانون نانوشته کیمیاگری، در ازای هر چیزی باید بهای آن پرداخته شود ). حال او و برادرش ماجرا جویی خود را برای یافتن سنگ جادو آغاز می کنند تا بتوانند دوباره بدنهای خود را بدست بیاورند.


انيمه درباره ی پسري به نام "ناراتو" كه در دهكده ای با نام "كونوها" ( برگ ) زندگي مي كنه . پدر مادر "ناراتو" بعد از به دنيا امدن او از دنيا رفتند و او تنها زندگي مي كند . وقتي "ناراتو" نوزاد بود هيولايي به نام "كيوبي" را در بدن او مهر كردن و به خاطر همين قضيه تمام مردم دهكده از ناراتو مي ترسند و به نوعي او را از خودشون طرد كردند . سپس "ناروتو" تصمیم می گیرد ...


پسری به نام اینویاشا که نیم انسان است و نیم شیطان، دنبال سنگ مقدسی است و در جریان پیدا کردن این سنگ عاشق دختری به نام کیکیو می شود و می فهمد که سنگ مقدس دست کیکیو می باشد و به او می گوید که من با قدرت این سنگ مقدس به انسان تبدیل میشوم و با هم زندگی می کنیم ولی بعد از مدتی کیکیو می فهمد که او می خواسته با قدرت سنگ مقدس به یک شیطان واقعی تبدیل شود و موقع دزدیدن سنگ مقدس با یک تیر مهر و موم شده او را به درختی آویزان می کند و...

در دوران خشونتآمیزی که با عنوان باکوماتسو شناخته میشد، یک قاتل ایشین که فقط با نام هیتوکیری باتوسای[۱] شناخته میشد، مهارت و خشونتش به مانند افسانهای در عصر بازگرداندی شده بود که او نیز نقش بسزایی در پیروزی انقلابیون داشت. با نزدیک شدن به اتمام زمان جنگ، بدون اینکه هیچ رد پایی از خود به جای بگذارد ناپدید شد، و یازده سال بعد فقط به عنوان یک شمشیرزن سرگردان با نام «هیمورا کنشین» به پا خاست. او به مکانهای مختلفی مهاجرت میکند تا به منظور جبران و کفارهای برای کشتار و گناهانی که در گذشته مرتکب شده باشد و بتواند از مردم عادی محافظت کند...