دکتر «هنری ایندیانا جونز» باستان شناس معروف، پس از سال ها، برای برملا کردن رازی که در پس یک شی باستانی معروف به جمجمه بلورین است، دوباره وارد عمل می شود.
داستان فیلم دررابطه با پسر بچه ای که در دوران کودکیش مادرش توسط فرد ناشناسی به قتل رسیده پدرش مرد سخت گیریست که عرصه زندگی را برای اون تنگ کرده است و مشکلات و مسائل زیاد باعث شده که اون بیشتر و بیشتر در خودش فرو رود و دچار افسردگی شود .یک روز به طور اتفاقی اون متوجه قدرت عجیبی در خودش میشود او متوجه میشوده که از قدرت ادراک ذهنی(تلهپاتی) فوق العاده قدرتمندی برخوردار است و می تواند تاریخ و زمان را تغییر دهد...
«بن گیتس» به دنبال یافتن حقیقت پنهان در پس ترور «آبراهام لینکلن» است. او برای اینکار باید ۱۸ صفحه گمشده از دفتر خاطرات مامور «جان وایک بوت» را بیابد.
آدمکشی که تنها با نام «مامور ۴۷» شناخته شده است، توسط سازمانی بی نام و نشان به کار گرفته شده تا یک ترور را در روسیه انجام دهد. اما او خیلی زود پی می برد که گرفتار یک توطئه سیاسی شده، و پلیس بین الملل و همینطور نظامیان روسیه در تعقیب او هستند.
چهار شگفت انگیز با موجودی قدرتمند معروف به موج سوار نقره ای روبرو می شوند و پی می برند که آن ها تنها موجودات با قدرت های خارق العاده در کهکشان نیستند.
اولین داستان جیمز باند ماموریتی بود به مقصد ماداگاسکار که در این ماموریت او در پی یک تروریست به نام مولاکاست. همه چیز بر طبق برنامه پیش نمیرود و باند برای اینکه بتواند به مخفی گاه تروریستها نفوذ کند تصمیم میگیرد که موضوع را بدون دخالت M۱۶ بررسی کند...
پرفسور لانگدون متخصص نمادشناسی متهم پرونده قتل رئیس موزه ی لوور میشود که به درخواست نوهی مقتول به دنبال کشف قاتل و رمزی که برای آنها گذاشته میشوند. در این میان گروهی از تندروهای مسیحی قصد از بین بردن افراد دیر صهیون و نابودی رازی هستند که پایه ی کلیسا را متزلزل میکند که موفق نمیشوند و این راز که در آخر فیلم توسط پرفسور کشف میشود، همچنان باقی میماند و وفادارن آن همچنان این راز را حفظ میکنند …
در سال ۱۹۳۳ تهیه کننده ای جاه طلب بازیگران و خدمه یک کشتی را متقاعد می کند که برای فیلمبرداری به جزیره جمجمه بروند. در آنجا آنها با کونگ، میمون غول پیکری برخورد می کنند که در همان ابتدا عاشق بازیگر اصلی، آن درو، می شود.
چهار حیوان که دیگر از بودن در باغ وحش خسته شده‌اند، تصمیم به فرار می گیرند و به طور ناخواسته با چهار پنگوئن همراه میشوند. بعد از گذراندن ماجراهایی، آنها خود را در ماداگاسکار می یابند.