
rock کارمند ساده مرکز بزرگ تجاری در ژاپن است . تفریحات او به سیگار کشیدن و صد البته تیپا خوردن از روسایش خلاصه می شود. بر حسب اتفاق ، او توسط یک گروه دزد دریایی به گروگان گرفته می شود و این آغاز زندگی جدید اوست. پس از آزادی وی ترجیح میدهد که به زندگی با این افراد ادامه دهد . این گروه به اسم Black Lagoon معروف بوده و از افراد زیر تشکیل شده است :- Revy ملقب به تیر اندازبا هر دو دست دختری با اصلیت چینی _ ژاپنی ، قصی القلب و البته ماهر در تیراندازی- Dutch آمریکایی سیاه پوست دورگه که رهبر گروه بوده و هماهنگی بین افراد و گرفتن ماموریتها بر عهده اوست. Benny : دانشجوی فلوریدایی که استاد در زمینه مخابرات و کامپیوتر بوده و وظیفه ارتباطات گروه رو بر عهده دارد. بعد از پیوستن راک به این گروه ، انیمه به روابط بین افراد گروه و ماموریتهای آنها می پردازد.


هاروهي يه دختر پسر نماست (!) که با بورسيه وارد مدرسه ي ثروتمندان شده که حتي نمي تواند براي خودش يونيفرم آنجا را تهيه کند. يک روز اتفاقي وارد اتاق کلوپ مهمانداري ميشود و وقتي سعي ميکند آنجا را ترک کند، يک گلدان را مي شکند و چون نمي تواند پولش را پرداخت کند به او ميگوند که بايد آنجا بماند و کارهاي اضافي را انجام دهد. اين وضعيت ادامه دارد تا اينکه اعضاي کلوپ تصميم مي گيرند او را هم عضوي از کلوپ کنند. از آنجايي که هنوز نميدانند او يک دختر است برايش يونيفرم پسرانه تهيه مي کنند و...


داستان در آیندههای تاریک بعد از نابودی قسمت عمده نسل بشر به واسطه یک فاجعه اتمی آغاز میشود. انسانها به دلیل تغییرات بیولوژیکی حاصل از بمبهای اتمی در شهرهایی زندگی میکنند که توسط حبابهایی برای محافظت احاطه شده است. در این جامعه منظم، انسانها در کنار یکدیگر زندگی میکنند و البته روباتهایی با نام AutoReivs به انسانها جهت رفاه بیشتر کمک میکنند. اما اوضاع همیشه آرام نیست و یکسری از روباتهایی که توسط ویروسی با نام Cogito آلوده شدند شروع به قتلهایی در این محیط آرام و حساس میکنند. در اینجاست خانم کاراگاهی با نام Re-l Mayer به همراه روبات دستیارش با نام ایگی شروع به تحقیقات در مورد پیدا کردن منشا این قتلها میکنند. داستان با اضافه شدن وینسنت مهاجری از شهر مسکو که او هم الان زیر حبابی قرار دارد و بار گذشته ای محنت بار را به دوش میکشد پیچیده تر میشود، از طرف دیگر بزرگان شهر بر روی طراحی یک شبه انسان با نام Proxy کار میکنند که به نظر آنها راه نجات نسل بشر از مشکلات پیش رو است...

دو سال پس از آخرين جنگ با سفيرات (Sephiroth) می گذشت. رافوس شينرا (ShinRa) سعي كرد دوباره شهر بزرگ را درست كند.اما در راه ساخت ،سه مرد در مقابل او ايستادند.اين سه مرد به دنبال مادرشان ميگشتند و سعي داشتند سفيرات را دوباره برگردانند.از اين رو كلود (Cloud) دوباره مجبور شد در مقابل كسي قرار بگيرد كه تهديد كرد دنيا را نابود خواهد ساخت.

کریشنا مورتی یکی از نویسندگان برجسته، دنیا را همانند یک پاندول ساعت می داند که این پاندول در حال نوسان است. اگر سمت راست گذشته باشد، سمت چپ آینده است و میان این دو زمان حال او اعتقاد دارد، هر چیزی که در ذهن ما است، گذشته مرده است، حتی خود فکر هم گذشته است. که داستان این انیمیشن هم مرتبط با این موضوع است.

یاماتو آکیتسوکی تنهایی به توکیو برای درس خواندن در مدرسه ای که تو محله ای قرار داره سفر می کنه. او با خاله خودش که یه حمام عمومی مختص زنان رو در یه محله اداره می کنه زندگی می کنه و همزمان زندگی مدرسه ای معمولش هم آغاز میشه. یه روز، بر حسب تصادف به دختری در مدرسه برخورد می کنه و بی درنگ مفتون زیبایی اش میشه. بعدا از اینکه پی می بره اون دختر، سوزوکا، در واقع در همسایگی اش داره زندگی می کنه شوکه میشه. از اون موقع زندگی یاماتو رفته رفته رنگ و رویی دیگه به خودش می گیره.


یک بچه ی دبستانی ملقب به شونن بت (shounen bat) با چوب بیسبال طلایی و خمیده ی خود به افراد مختلف حمله می کند. دو بازرس پلیس مامور بررسی این پرونده شده تا بتوانند مانع از انجام حملات بیشتری از جانب این بچه شوند. اما به زودی آن ها متوجه خواهند شد که این پرونده فراتر از آن چیزی است که آن ها تصورش را می کردند.